了禀帖，告到礼部、都察院、通政司三处衙门，说明庄家如何贿赂官员，改镌新版。
不料在京中等不到一个月，三处衙门先后驳复下来，都称细查庄廷鑨所著明书辑略一书，内容并无违禁犯例，该革职知县吴之荣所告，并非实情，显系挟嫌诬告，至于贿赂官员云云，更系捕风捉影之辞。
那通政司的批驳更是严厉，说道：“该吴之荣以贪墨被革，遂以天下清官，皆如彼之贪。
”原来庄允城受了程维藩之教，早将新版明史送到了礼部、都察院、通政司三处衙门，有关官吏师爷，也早已送了厚礼打点。
吴之荣又碰了一鼻子灰，眼见回家已无盘缠，势将流落异乡。
其时清廷对待汉人文士极为严峻，文字中稍有犯禁，便即处死，吴之荣所告的若是寻常文人，早已得手，偏生遇着的对手是富豪之家，这才阻难重重。
既无退路，心想拚着坐牢，也要将这件案子干到底，当下又写了四张禀帖，分呈四位顾命大臣；同时又在客店中写了数百张招纸，揭露其事，在北京城中到处张贴。
他这一着却大是行险，倘若官府追究起来，说他危言耸听，扰乱人心，不免有杀头的重罪。
那四个顾命大臣，名叫索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，均是满洲的开国功臣。
顺治皇帝逝世之时，遗诏命这四大臣辅政。
其中鳌拜最为凶横，朝中党羽极众，清廷大权，几乎尽操于他一人之手。
他生怕敌党对其不利，是以派出无数探子，在京城内外打探动静。
这日得到密报，说道北京城中出现许多招贴，揭发浙江庄姓百姓著书谋叛，大逆不道，浙江官员受贿、置之不理等情。
鳌拜得悉之下，立即查究，登时雷厉风行的办了起来。
便在此时，吴之荣的禀帖也已递入鳌拜府中。
他当即召见吴之荣，详问其事，再命手下汉人幕客细阅吴之荣所呈缴的那部原版明史，所言果是实情。
鳌拜以军功而封公爵、做大官，向来歧视汉官和读书人，掌握大权后便想办几件大案，镇慑人心，不但使汉人不敢兴反叛之念，也令朝中敌党不敢有甚异动，当即派出钦差，赴浙江查究。
这一来，庄家全家固然逮入京中，连杭州将军松魁、浙江巡抚朱昌祚以下所有大小官员，也都革职查办。
在明史上列名的文学之士，无一不鎯铛入狱。
顾炎武、黄宗羲二人在吕留良家中，将此案的来龙去脉，详细道来，吕留良听得只是叹息。
当晚三人联榻长谈，议论世事，说到明末魏忠贤等太监陷害忠良，把持朝政，种种倒行逆施，终至明室覆亡，入清后汉人惨遭屠戮，祸难方深，无不扼腕切齿。
次日一早，吕留良全家和顾黄二人登舟东行。
江南中产以上人家，家中都自备有船，江南水乡，河道四通八达，密如蛛网，一般人出行都是坐船，所谓“北人乘马，南人乘舟”，自古已然。
到得杭州后，自运河折而向北，这晚在杭州城外听到消息，清廷已因此案而处决了不少官员百姓：庄廷鑨已死，开棺戮尸；庄允城在狱中不堪虐待而死；庄家全家数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女发配沈阳，给满洲旗兵为奴。
前礼部侍郎李令晰为该书作序，凌迟处死，四子处斩。
李令晰的幼子刚满十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，按照清律，十五岁以下者得免死充军。
那少年道：“我爹爹哥哥都死了，我也不愿独生。
”终于不肯易供，一并处斩。
松魁、朱昌祚入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。
归安、乌程的两名学官处斩。
因此案牵连，冤枉而死的人亦是不计其数。
湖州府知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受贿隐匿，和推官李焕、训导王兆祯同处绞刑。
吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司声称，该书注明依据“朱氏原稿增删润饰而成”。
这朱氏便是朱佑明了；又说他的名字”朱佑明”，显是心存前明，咒诅本朝。
这样一来，朱佑明和他五个儿子同处斩首，朱家的十余万财产，清廷下令都赏给吴之荣。
最惨的是，所有雕版的刻工、印书的列工、装钉的钉工，以及书贾、书铺的主人、卖书的店员、买书的读者，查明后尽皆处斩。
据史书记载，其时苏州浒墅关有一个榷货主事关吏李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有一部新刊的明史，内容很好，派一个工役去买。
工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等候，等到店主回来，将书买回。
李尚白读了几卷，也不以为意。
过了几个月，案子发作，一直查究到各处贩书买书之人。
其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决。
书店主人和奉命买书的工役斩首。
连那隔壁姓朱老者也受牵累，说他既知那人来购逆书，何以不即举报，还让他在家中闲坐本应斩首，姑念年逾七十，免死，和妻子充军边远之处。
至于江南名士，因庄廷鑨慕其大名、在书